لأنه لا يُعرف الكثير عن أسباب متلازمة القولون العصبي ، فلا توجد طريقة لمنع حدوثها.

تغييرات في النظام الغذائي وإدارة أفضل إجهاد قد يقلل الانزعاج (انظر قسم العلاجات الطبية).