غالبًا ما تنشأ الالتهابات الفطرية من اختلال بسيط في الكائنات الحية الدقيقة الموجودة بشكل طبيعي في الجسم.

إنه في الواقع مستعمر من قبل العديد من الفطريات والبكتيريا المتنوعة ، معظم الوقت غير ضار بل وضرورى لحسن سير عمل الجسم.

ومع ذلك ، قد يحدث أن تتكاثر بعض هذه الفطريات وتصبح ممرضة ، أو أن الفطريات "الخارجية" ، التي تنتقل على سبيل المثال عن طريق الحيوان ، تسبب العدوى. ما مجموعه 200-400 نوع من الفطريات يمكن أن تسبب المرض للإنسان⁵.

ومع ذلك ، يمكن للفطريات الموجودة في البيئة أن تلوث البشر أيضًا ، على سبيل المثال:

• عن طريق التلقيح ، أثناء الإصابة على سبيل المثال (مما يؤدي إلى داء الشعريات المبوغة أو الفطريات الصبغية ، وما إلى ذلك) ؛
• عن طريق استنشاق العفن (داء النوسجات ، داء الرش ، إلخ) ؛
• عن طريق الاتصال بشخص مصاب (داء المبيضات ، القوباء الحلقية ، إلخ) ؛
• من خلال ملامسة حيوان مصاب.